Mértola s'étend sur les deux rives du Guadiana sur un territoire de plus de 1200 km carrés.

A l'époque pré-romaine, Mértola était déjà un important axe commercial, car il s'agissait du port intérieur le plus au nord du grand fleuve. C'est ici qu'arrivaient et s'installaient les gens et que circulaient les produits provenant des contrées les plus lointaines du monde méditerrannéen antique.
C'est également ici que se croisaient le fleuve et les routes qui amenaient le pain et l'huile d'olive des terrains argileux de Beja et les minéraux d'Aljustrel et de Sao Domingos.

La combinaison de tous ces facteurs a valu à Mértola une importance historique dans le passé, les monuments et les repères témoins de ce passé sont parsemés un peu partout dans la ville, toujours ceinturée par l'ancienne muraille, longue d'un kilomètre.

Les fouilles archéologiques, qui se concentrèrent au début sur les terres de l'ancienne citadelle, se sont ultérieurement élargies à d'autres endroits de la ville.

Le premier site a révélé une partie de l'ancien forum romain, mettant au grand jour les vestiges d'une immense galerie.
Au même endroit, un quartier construit sur un ancien baptistère chrétien, au 12e s., aurait été occupé jusqu'au mileu du 13e s..

Dans le sous-sol de la Mairie et à Rossio do Carmo, des vestiges d'une maison romaine et d'une basilique, érigées au 5e s., ont été découverts. Dans ce dernier site, on a pu identifier les vestiges des nécropoles romaines, paléo-chrétienne et islamique de Mértola.

Plus récemment, les fouilles entreprises à proximité de la ville ont mis à jour les ruines de la chapelle de Saint Sébastian (16e s.), érigée sur une nécropole romaine.