Mértola se extiende sobre las dos riveras del Guadiana, sobre un territorio de más de 1200 Km. Cuadrados.
En época preromana, Mértola era ya un importante eje comercial, pues contaba con el puerto interior más al norte del gran río. Hasta aquí llegaron y se instalaron las gentes y circularon los productos originarios de las zonas más lejanas del mundo mediterráneo antiguo.
Es precisamente aquí donse se cruzaban el río y las rutas que traían el pan y el aceite de oliva de las tierras arcillosas de Beja y los minerales de Aljustrel y Santo Domingo.

La combinación de todos estos factores ha proporcionado a Mértola una importancia histórica en el pasado, los monumentos y los vestigios testimoniales de ese pasado están dispersos por toda la ciuad, siempre ceñidos por la antigua muralla, de un kilómetro de longitud.

Las excavaciones arqueológicas, que se concentraron, en un primer momento, sobre la zona de la antigua ciudadela, han sido posteriormente ensanchadas a otros puntos de la ciudad.
El primer lugar ha revelado una parte del antiguo foro romano, poniendo al descubiewrto los vestigios de una gran galería.
En el mismo lugar, un barrio construido sobre un antiguo baptisterio cristiano, en el s. XII, estuvo habitado hasta mediados del s. XIII.
En el subsuelo del Ayuntamiento y en el Rossio do Carmo, han sido descubiertos vestigios de una casa romana y de una basílica, erigida en el s.V. En este último lugar, se han podido identificar los restos de necrópolis romanas, paleocristianas e islámica de Mértola.
Más recientemente, las excavaciones realizadas en las proximidades de la ciudad han puesto de manifiesto las ruinas de la ermita de San Sebastián (s. XVI), erigida sobre una necrópolis romana.